Redefining the transcriptional regulatory dynamics of classically and alternatively activated macrophages by deepCAGE transcriptomics

S. Roy, S. Schmeier, E. Arner, T. Alam, S.P. Parihar, M. Ozturk, O. Tamgue, H. Kawaji, M.J.L. De Hoon, M. Itoh, T. Lassmann, P. Carninci, Y. Hayashizaki, Alistair Forrest, V.B. Bajic, R. Guler, F. Brombacher, H. Suzuki, I. Alam, D. AlbaneseG. Altschuler, R. Andersson, T. Arakawa, J. Archer, P. Arner, M. Babina, K. Baillie, S. Baker, A. Balic, P. Balwierz, A. Beckhouse, N. Bertin, J.A. Blake, A. Blumenthal, B. Bodega, A. Bonetti, J. Briggs, M. Burroughs, A. Califano, C. Cannistraci, D. Carbajo, Y. Chen, M. Chierici, Y. Ciani, H. Clevers, E. Dalla, C. Daub, C. Davis, D. De Lima Morais, M. Detmar, A. Diehl, E. Dimon, T. Dohi, F. Drabros, A. Edge, M. Edinger, K. Ekwall, M. Endoh, H. Enomoto, M. Fagiolini, L. Fairbairn, H. Fang, M.C. Farach-Carson, G. Faulkner, A. Favorov, M. Fisher, M. Francescatto, T. Freeman, M. Frith, R. Fujita, S. Fukuda, C. Furlanello, M. Furuno, J-I Furusawa, T.B.H. Geijtenbeek, A. Gibson, D. Gingeras, D. Goldowitz, J. Gough, S. Guhl, S. Gustincich, T. Ha, V. Haberle, M. Hamaguchi, M. Hara, M. Harbers, J. Harshbarger, A. Hasegawa, Y. Hasegawa, T. Hashimoto, M. Herlyn, P. Heutink, W. Hide, K. Hitchens, S. Ho Sui, O. Hofmann, I. Hoof, F. Hori, D. Hume, L. Huminiecki, K. Ilda, T. Ikawa, Y. Ishizu, B. Jankovic, H. Jia, M. Jorgensen, A. Joshi, G. Jurman, B. Kaczkowski, C. Kai, K. Kaida, A. Kaiho, K. Kajiyama, K. Kanamori-Katayama, A. Kasianov, T. Kasukawa, S. Katayama, S. Kato, S. Kawaguchi, J. Kawai, H. Kawamoto, Y. Kawamura, T. Kawashima, J. Kempfle, T. Kenna, J. Kere, L. Khachigian, T. Kitamura, Peter Klinken, A. Knox, M. Kojima, S. Kojima, N. Kondo, H. Koseki, S. Koyasu, S. Krampitz, A. Kubosaki, I. Kulakovskiy, A.T.J. Kwon, J. Laros, B. Lenhard, A. Lennartsson, K. Li, B. Lilje, L. Lipovich, M. Lizio, A. Mackay-Sim, V. Makeev, R. Manabe, J. Mar, B. Marchand, A. Mathelier, Y. Medvedeva, T.F. Meehan, N. Mejhert, A. Meynert, Y. Mizuno, H. Morikawa, M. Morimoto, K. Moro, E. Motakis, H. Motohashi, C. Mummery, C.J. Mungall, M. Murata, S. Nagao, Y. Nakachi, F. Nakahara, T. Nakamura, Y. Nakamura, K. Nakazato, N. Ninomiya, H. Nishiyori, S. Noma, T. Nozaki, S. Ogishima, N. Ohkura, H. Ohmiya, H. Ohno, M. Ohshima, M. Okada-Hatakeyama, Y. Okazaki, V. Orlando, D. Ovchinnikov, A. Pain, R. Passier, H. Persson, S. Piazza, C. Plessy, S. Pradhan-Bhatt, J. Prendergast, O. Rackham, J. Ramilowski, M. Rashid, T. Ravasi, M. Rehli, P. Rizzu, M. Roncador, M. Rye, E. Saijyo, A. Sajantila, A. Saka, S. Sakaguchi, M. Sakai, A. Sandelin, H. Sato, H. Satoh, S. Savvi, A. Saxena, U. Schaefer, C. Schmidl, C. Schneider, E.A. Schultes, G. Schulze-Tanzil, A. Schwegmann, C. Semple, T. Sengstag, J. Severin, G. Sheng, H. Shimoji, Y. Shimoni, J. Shin, C. Simon, D. Sugiyama, T. Sugiyama, K. Summers, M. Suzuki, N. Suzuki, R. Swoboda, P. T Hoen, M. Tagami, N. Takahashi, J. Takai, H. Tanaka, H. Tatsukawa, Z. Tatum, M. Taylor, M. Thompson, H. Toyoda, T. Toyoda, E. Valen, M. Van De Wetering, L. Van Den Berg, E. Van Nimwegen, R. Verardo, D. Vijayan, M. Vitezic, I. Vorontzov, W. Wasserman, S. Watanabe, C. Wells, Louise Winteringham, E. Wolvetang, E.J. Wood, Y. Yamaguchi, M. Yamamoto, M. Yoneda, Y. Yonekura, S. Yoshida, R. Young, S.E. Zabierowski, P. Zhang, X. Zhao, S. Zucchelli

Research output: Contribution to journalArticle

30 Citations (Scopus)
Original languageEnglish
Pages (from-to)6969-6982
JournalNucleic Acids Research
Volume43
DOIs
Publication statusPublished - 2015

Cite this

Roy, S., Schmeier, S., Arner, E., Alam, T., Parihar, S. P., Ozturk, M., Tamgue, O., Kawaji, H., De Hoon, M. J. L., Itoh, M., Lassmann, T., Carninci, P., Hayashizaki, Y., Forrest, A., Bajic, V. B., Guler, R., Brombacher, F., Suzuki, H., Alam, I., ... Zucchelli, S. (2015). Redefining the transcriptional regulatory dynamics of classically and alternatively activated macrophages by deepCAGE transcriptomics. Nucleic Acids Research, 43, 6969-6982. https://doi.org/10.1093/nar/gkv646