Abstract
| Original language | English |
|---|---|
| Pages (from-to) | 462-470 |
| Journal | Nature |
| Volume | 507 |
| Issue number | 7493 |
| DOIs | |
| Publication status | Published - 2014 |
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Dive into the research topics of 'A promoter-level mammalian expression atlas'. Together they form a unique fingerprint.Cite this
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A promoter-level mammalian expression atlas. / Forrest, Alistair; Kawaji, H.; Rehli, M.; Baillie, J.K.; De Hoon, M.J.L.; Haberle, V.; Lassmann, T.; Kulakovskiy, I.V.; Lizio, M.; Itoh, M.; Andersson, R.; Mungall, C.J.; Meehan, T.F.; Schmeier, S.; Bertin, N.; Jørgensen, M.C.; Dimont, E.; Arner, E.; Schmidl, C.; Schaefer, U.; Medvedeva, Y.A.; Plessy, C.; Vitezic, M.; Severin, J.M.; Semple, C.A.M.; Ishizu, Y.; Young, R.S.; Francescatto, M.; Altschuler, I.A.; Albanese, D.; Altschule, G.M.; Arakawa, T.; Archer, J.; Arner, P.; Babina, M.; Rennie, S.; Balwierz, P.J.; Beckhouse, A.G.; Pradhan-Bhatt, S.; Blake, J.A.; Blumenthal, A.; Bodega, B.; Bonetti, A.; Briggs, J.A.; Brombacher, F.; Burroughs, A.M.; Califano, A.C.; Cannistraci, C.V.; Carbajo, D.; Chen, Y.; Chierici, M.; Ciani, Y.; Clevers, H.C.; Dalla, E.; Davis, C.A.; Detmar, M.J.; Diehl, A.D.; Dohi, T.; Drabløs, F.; Edge, A.S.B.; Edinger, M.G.; Ekwall, K.; Endoh, M.; Enomoto, H.; Fagiolini, M.; Fairbairn, L.R.; Fang, H.; Farach-Carson, M.C.; Faulkner, G.J.; Favorov, A.V.; Fisher, M.E.; Frith, M.C.; Fujita, R.; Fukuda, S.; Furlanello, C.; Furuno, M.; Furusawa, J.; Geijtenbeek, T.B.H.; Gibson, A.P.; Gingeras, T.R.; Goldowitz, D.; Gough, J.; Guhl, S.; Guler, R.; Gustincich, S.; Ha, T.J.; Hamaguchi, M.; Hara, M.; Harbers, M.; Harshbarger, J.; Hasegawa, A.; Hasegawa, Y.; Hashimoto, T.; Herlyn, M.F.; Hitchens, K.J.; Sui, S.J.H.; Hofmann, O.M.; Hoof, I.; Hori, F.; Huminiecki, Ł.B.; Iida, K.; Ikawa, T.; Jankovic, B.R.; Jia, H.; Joshi, A.M.; Jurman, G.; Kaczkowski, B.; Kai, C.; Kaida, K.; Kaiho, A.; Kajiyama, K.; Kanamori-Katayama, M.; Kasianov, A.S.; Kasukawa, T.; Katayama, S.; Kato, S.; Kawaguchi, S.; Kawamoto, H.; Kawamura, Y.I.; Kawashima, T.; Kempfle, J.S.; Kenna, T.J.; Kere, J.; Khachigian, L.M.; Kitamura, T.; Klinken, Peter; Knox, A.; Kojima, M.; Kojima, S.; Kondo, N.; Koseki, H.; Koyasu, S.; Krampitz, S.; Kubosaki, A.; Kwon, A.T.; Laros, J.F.J.; Lee, W.; Lennartsson, A.; Li, K.; Lilje, B.; Lipovich, L.; Mackay-Sim, A.; Manabe, R.; Mar, J.; Marchand, B.; Mathelier, A.; Mejhert, N.; Meynert, A.M.; Mizuno, Y.; De Morais, D.A.L.; Morikawa, H.; Morimoto, M.; Moro, K.; Motakis, E.; Motohashi, H.; Mummery, C.L.; Murata, M.; Nagao-Sato, S.; Nakachi, Y.; Nakahara, F.; Nakamura, T.; Nakamura, Y.; Nakazato, K.; Van Nimwegen, E.; Ninomiya, N.; Nishiyori, H.; Noma, S.; Nozaki, T.; Ogishima, S.; Ohkura, N.; Ohmiya, H.; Ohno, H.; Ohshima, M.; Okada-Hatakeyama, M.; Okazaki, Y.; Orlando, V.; Ovchinnikov, D.A.; Pain, A.; Passier, R.C.J.J.; Patrikakis, M.; Persson, H.; Piazza, S.; Prendergast, J.G.D.; Rackham, O.J.L.; Ramilowski, J.A.; Rashid, M.; Ravasi, T.; Rizzu, P.; Roncador, M.; Roy, S.; Rye, M.B.; Saijyo, E.; Sajantila, A.; Saka, A.; Sakaguchi, S.; Sakai, M.; Sato, H.; Satoh, H.; Savvi, S.; Saxena, A.; Schneider, C.H.; Schultes, E.A.; Schulze-Tanzil, G.G.; Schwegmann, A.; Sengstag, T.; Sheng, G.; Shimoji, H.; Shimoni, Y.; Shin, J.W.; Simon, C.M.; Sugiyama, D.; Sugiyama, T.; Suzuki, M.; Suzuki, N.; Swoboda, R.K.; 't Hoen, P.A.C.; Tagami, M.; Tagami, N.; Takai, J.; Tanaka, H.; Tatsukawa, H.; Tatum, Z.; Thompson, M.; Toyoda, H.; Toyoda, T.; Valen, E.; Van De Wetering, M.L.; Van Den Berg, L.M.; Verardo, R.; Vijayan, D.; Vorontsov, I.E.; Wasserman, W.W.; Watanabe, S.; Wells, C.A.; Winteringham, Louise; Wolvetang, E.J.; Wood, E.J.; Yamaguchi, Y.; Yamamoto, M.; Yoneda, M.; Yonekura, Y.; Yoshida, S.; Zabierowski, S.E.; Zhang, P.; Zhao, X.; Zucchelli, S.; Summers, K.M.; Suzuki, H.; Daub, C.O.; Kawai, J.; Heutink, P.; Hide, W.; Freeman, T.C.; Lenhard, B.; Bajic, L.V.B.; Taylor, M.S.; Makeev, V.J.; Sandelin, A.; Hume, D.A.; Carninci, P.; Hayashizaki, Y.Y.
In: Nature, Vol. 507, No. 7493, 2014, p. 462-470.Research output: Contribution to journal › Article › peer-review
TY - JOUR
T1 - A promoter-level mammalian expression atlas
AU - Forrest, Alistair
AU - Kawaji, H.
AU - Rehli, M.
AU - Baillie, J.K.
AU - De Hoon, M.J.L.
AU - Haberle, V.
AU - Lassmann, T.
AU - Kulakovskiy, I.V.
AU - Lizio, M.
AU - Itoh, M.
AU - Andersson, R.
AU - Mungall, C.J.
AU - Meehan, T.F.
AU - Schmeier, S.
AU - Bertin, N.
AU - Jørgensen, M.C.
AU - Dimont, E.
AU - Arner, E.
AU - Schmidl, C.
AU - Schaefer, U.
AU - Medvedeva, Y.A.
AU - Plessy, C.
AU - Vitezic, M.
AU - Severin, J.M.
AU - Semple, C.A.M.
AU - Ishizu, Y.
AU - Young, R.S.
AU - Francescatto, M.
AU - Altschuler, I.A.
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AU - Archer, J.
AU - Arner, P.
AU - Babina, M.
AU - Rennie, S.
AU - Balwierz, P.J.
AU - Beckhouse, A.G.
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AU - Blake, J.A.
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AU - Bonetti, A.
AU - Briggs, J.A.
AU - Brombacher, F.
AU - Burroughs, A.M.
AU - Califano, A.C.
AU - Cannistraci, C.V.
AU - Carbajo, D.
AU - Chen, Y.
AU - Chierici, M.
AU - Ciani, Y.
AU - Clevers, H.C.
AU - Dalla, E.
AU - Davis, C.A.
AU - Detmar, M.J.
AU - Diehl, A.D.
AU - Dohi, T.
AU - Drabløs, F.
AU - Edge, A.S.B.
AU - Edinger, M.G.
AU - Ekwall, K.
AU - Endoh, M.
AU - Enomoto, H.
AU - Fagiolini, M.
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AU - Fang, H.
AU - Farach-Carson, M.C.
AU - Faulkner, G.J.
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AU - Fisher, M.E.
AU - Frith, M.C.
AU - Fujita, R.
AU - Fukuda, S.
AU - Furlanello, C.
AU - Furuno, M.
AU - Furusawa, J.
AU - Geijtenbeek, T.B.H.
AU - Gibson, A.P.
AU - Gingeras, T.R.
AU - Goldowitz, D.
AU - Gough, J.
AU - Guhl, S.
AU - Guler, R.
AU - Gustincich, S.
AU - Ha, T.J.
AU - Hamaguchi, M.
AU - Hara, M.
AU - Harbers, M.
AU - Harshbarger, J.
AU - Hasegawa, A.
AU - Hasegawa, Y.
AU - Hashimoto, T.
AU - Herlyn, M.F.
AU - Hitchens, K.J.
AU - Sui, S.J.H.
AU - Hofmann, O.M.
AU - Hoof, I.
AU - Hori, F.
AU - Huminiecki, Ł.B.
AU - Iida, K.
AU - Ikawa, T.
AU - Jankovic, B.R.
AU - Jia, H.
AU - Joshi, A.M.
AU - Jurman, G.
AU - Kaczkowski, B.
AU - Kai, C.
AU - Kaida, K.
AU - Kaiho, A.
AU - Kajiyama, K.
AU - Kanamori-Katayama, M.
AU - Kasianov, A.S.
AU - Kasukawa, T.
AU - Katayama, S.
AU - Kato, S.
AU - Kawaguchi, S.
AU - Kawamoto, H.
AU - Kawamura, Y.I.
AU - Kawashima, T.
AU - Kempfle, J.S.
AU - Kenna, T.J.
AU - Kere, J.
AU - Khachigian, L.M.
AU - Kitamura, T.
AU - Klinken, Peter
AU - Knox, A.
AU - Kojima, M.
AU - Kojima, S.
AU - Kondo, N.
AU - Koseki, H.
AU - Koyasu, S.
AU - Krampitz, S.
AU - Kubosaki, A.
AU - Kwon, A.T.
AU - Laros, J.F.J.
AU - Lee, W.
AU - Lennartsson, A.
AU - Li, K.
AU - Lilje, B.
AU - Lipovich, L.
AU - Mackay-Sim, A.
AU - Manabe, R.
AU - Mar, J.
AU - Marchand, B.
AU - Mathelier, A.
AU - Mejhert, N.
AU - Meynert, A.M.
AU - Mizuno, Y.
AU - De Morais, D.A.L.
AU - Morikawa, H.
AU - Morimoto, M.
AU - Moro, K.
AU - Motakis, E.
AU - Motohashi, H.
AU - Mummery, C.L.
AU - Murata, M.
AU - Nagao-Sato, S.
AU - Nakachi, Y.
AU - Nakahara, F.
AU - Nakamura, T.
AU - Nakamura, Y.
AU - Nakazato, K.
AU - Van Nimwegen, E.
AU - Ninomiya, N.
AU - Nishiyori, H.
AU - Noma, S.
AU - Nozaki, T.
AU - Ogishima, S.
AU - Ohkura, N.
AU - Ohmiya, H.
AU - Ohno, H.
AU - Ohshima, M.
AU - Okada-Hatakeyama, M.
AU - Okazaki, Y.
AU - Orlando, V.
AU - Ovchinnikov, D.A.
AU - Pain, A.
AU - Passier, R.C.J.J.
AU - Patrikakis, M.
AU - Persson, H.
AU - Piazza, S.
AU - Prendergast, J.G.D.
AU - Rackham, O.J.L.
AU - Ramilowski, J.A.
AU - Rashid, M.
AU - Ravasi, T.
AU - Rizzu, P.
AU - Roncador, M.
AU - Roy, S.
AU - Rye, M.B.
AU - Saijyo, E.
AU - Sajantila, A.
AU - Saka, A.
AU - Sakaguchi, S.
AU - Sakai, M.
AU - Sato, H.
AU - Satoh, H.
AU - Savvi, S.
AU - Saxena, A.
AU - Schneider, C.H.
AU - Schultes, E.A.
AU - Schulze-Tanzil, G.G.
AU - Schwegmann, A.
AU - Sengstag, T.
AU - Sheng, G.
AU - Shimoji, H.
AU - Shimoni, Y.
AU - Shin, J.W.
AU - Simon, C.M.
AU - Sugiyama, D.
AU - Sugiyama, T.
AU - Suzuki, M.
AU - Suzuki, N.
AU - Swoboda, R.K.
AU - 't Hoen, P.A.C.
AU - Tagami, M.
AU - Tagami, N.
AU - Takai, J.
AU - Tanaka, H.
AU - Tatsukawa, H.
AU - Tatum, Z.
AU - Thompson, M.
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AU - Toyoda, T.
AU - Valen, E.
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AU - Van Den Berg, L.M.
AU - Verardo, R.
AU - Vijayan, D.
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AU - Watanabe, S.
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AU - Winteringham, Louise
AU - Wolvetang, E.J.
AU - Wood, E.J.
AU - Yamaguchi, Y.
AU - Yamamoto, M.
AU - Yoneda, M.
AU - Yonekura, Y.
AU - Yoshida, S.
AU - Zabierowski, S.E.
AU - Zhang, P.
AU - Zhao, X.
AU - Zucchelli, S.
AU - Summers, K.M.
AU - Suzuki, H.
AU - Daub, C.O.
AU - Kawai, J.
AU - Heutink, P.
AU - Hide, W.
AU - Freeman, T.C.
AU - Lenhard, B.
AU - Bajic, L.V.B.
AU - Taylor, M.S.
AU - Makeev, V.J.
AU - Sandelin, A.
AU - Hume, D.A.
AU - Carninci, P.
AU - Hayashizaki, Y.Y.
PY - 2014
Y1 - 2014
N2 - Regulated transcription controls the diversity, developmental pathways and spatial organization of the hundreds of cell types that make up a mammal. Using single-molecule cDNA sequencing, we mapped transcription start sites (TSSs) and their usage in human and mouse primary cells, cell lines and tissues to produce a comprehensive overview of mammalian gene expression across the human body. We find that few genes are truly â ̃ housekeepingâ ™, whereas many mammalian promoters are composite entities composed of several closely separated TSSs, with independent cell-type-specific expression profiles. TSSs specific to different cell types evolve at different rates, whereas promoters of broadly expressed genes are the most conserved. Promoter-based expression analysis reveals key transcription factors defining cell states and links them to binding-site motifs. The functions of identified novel transcripts can be predicted by coexpression and sample ontology enrichment analyses. The functional annotation of the mammalian genome 5 (FANTOM5) project provides comprehensive expression profiles and functional annotation of mammalian cell-type-specific transcriptomes with wide applications in biomedical research. © 2014 Macmillan Publishers Limited.
AB - Regulated transcription controls the diversity, developmental pathways and spatial organization of the hundreds of cell types that make up a mammal. Using single-molecule cDNA sequencing, we mapped transcription start sites (TSSs) and their usage in human and mouse primary cells, cell lines and tissues to produce a comprehensive overview of mammalian gene expression across the human body. We find that few genes are truly â ̃ housekeepingâ ™, whereas many mammalian promoters are composite entities composed of several closely separated TSSs, with independent cell-type-specific expression profiles. TSSs specific to different cell types evolve at different rates, whereas promoters of broadly expressed genes are the most conserved. Promoter-based expression analysis reveals key transcription factors defining cell states and links them to binding-site motifs. The functions of identified novel transcripts can be predicted by coexpression and sample ontology enrichment analyses. The functional annotation of the mammalian genome 5 (FANTOM5) project provides comprehensive expression profiles and functional annotation of mammalian cell-type-specific transcriptomes with wide applications in biomedical research. © 2014 Macmillan Publishers Limited.
U2 - 10.1038/nature13182
DO - 10.1038/nature13182
M3 - Article
VL - 507
SP - 462
EP - 470
JO - Nature
JF - Nature
SN - 0028-0836
IS - 7493
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