Peter Klinken

Professor

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Search results

  • 2021

    Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network

    FANTOM Consortium, Dec 2021, In: Nature Communications. 12, 1, 3297.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    2 Citations (Scopus)
  • 2017

    An integrated expression atlas of miRNAs and their promoters in human and mouse

    de Rie, D., Abugessaisa, I., Alam, T., Arner, E., Arner, P., Ashoor, H., Astrom, G., Babina, M., Bertin, N., Burroughs, A. M., Carlisle, A. J., Daub, C. O., Detmar, M., Deviatiiarov, R., Fort, A., Gebhard, C., Goldowitz, D., Guhl, S., Ha, T. J., Harshbarger, J. & 50 others, Hasegawa, A., Hashimoto, K., Herlyn, M., Heutink, P., Hitchens, K. J., Hon, C. C., Huang, E., Ishizu, Y., Kai, C., Kasukawa, T., Klinken, P., Lassmann, T., Lecellier, C-H., Lee, W., Lizio, M., Makeev, V., Mathelier, A., Medvedeva, Y. A., Mejhert, N., Mungall, C. J., Noma, S., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Persson, H., Rizzu, P., Roudnicky, F., Saetrom, P., Sato, H., Severin, J., Shin, J. W., Swoboda, R. K., Tarui, H., Toyoda, H., Vitting-Seerup, K., Winteringham, L., Yamaguchi, Y., Yasuzawa, K., Yoneda, M., Yumoto, N., Zabierowski, S., Zhang, P. G., Wells, C. A., Summers, K. M., Kawaji, H., Sandelin, A., Rehli, M., Hayashizaki, Y., Carninci, P., Forrest, A. R. R. & de Hoon, M. J. L., Sep 2017, In: Nature Biotechnology. 35, 9, p. 872–878

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    227 Citations (Scopus)
  • FANTOM5 CAGE profiles of human and mouse samples

    Noguchi, S., Arakawa, T., Fukuda, S., Furuno, M., Hasegawa, A., Hori, F., Ishikawa-Kato, S., Kaida, K., Kaiho, A., Kanamori-Katayama, M., Kawashima, T., Kojima, M., Kubosaki, A., Manabe, R. I., Murata, M., Nagao-Sato, S., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori-Sueki, H., Noma, S. & 158 others, Saijyo, E., Saka, A., Sakai, M., Simon, C., Suzuki, N., Tagami, M., Watanabe, S., Yoshida, S., Arner, P., Axton, R. A., Babina, M., Kenneth Baillie, J., Barnett, T. C., Beckhouse, A. G., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Carlisle, A. J., Clevers, H. C., Davis, C. A., Detmar, M., Dohi, T., Edge, B. A. S., Edinger, M., Ehrlund, A., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Eslami, A., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Farach-Carson, M. C., Faulkner, G. J., Ferrai, C., Fisher, M. E., Forrester, L. M., Fujita, R., Furusawa, J. I., Geijtenbeek, T. B., Gingeras, T., Goldowitz, D., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T. J., Hamaguchi, M., Hara, M., Hasegawa, Y., Herlyn, M., Heutink, P., Hitchens, K. J., Hume, D. A., Ikawa, T., Ishizu, Y., Kai, C., Kawamoto, H., Kawamura, Y. I., Kempfle, J. S., Kenna, T. J., Kere, J., Khachigian, L. M., Kitamura, T., Klein, S., Peter Klinken, S., Knox, A. J., Kojima, S., Koseki, H., Koyasu, S., Lee, W., Lennartsson, A., MacKay-Sim, A., Mejhert, N., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Morris, K. J., Motohashi, H., Mummery, C. L., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D. A., Passier, R., Patrikakis, M., Pombo, A., Pradhan-Bhatt, S., Qin, X. Y., Rehli, M., Rizzu, P., Roy, S., Sajantila, A., Sakaguchi, S., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schmidl, C., Schneider, C., Schulze-Tanzil, G. G., Schwegmann, A., Sheng, G., Shin, J. W., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K. M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tomoiu, A., Toyoda, H., Wetering, M., Berg, L. M. V. D., Verardo, R., Vijayan, DI., Wells, C. A., Winteringham, L. N., Wolvetang, E., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yanagi-Mizuochi, C., Yoneda, M., Yonekura, Y., Zhang, P. G., Zucchelli, S., Abugessaisa, I., Arner, E., Harshbarger, J., Kondo, A., Lassmann, T., Lizio, M., Sahin, S., Sengstag, T., Severin, J., Shimoji, H., Suzuki, M., Suzuki, H., Kawai, J., Kondo, N., Itoh, M., Daub, C. O., Kasukawa, T., Kawaji, H., Carninci, P., Forrest, A. R. R. & Hayashizaki, Y., 29 Aug 2017, In: Scientific Data. 4, 170112.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    78 Citations (Scopus)
  • 2015

    Complementing tissue characterization by integrating transcriptome profiling from the Human Protein Atlas and from the FANTOM5 consortium

    Yu, N. Y-L., Hallström, B. M., Fagerberg, L., Ponten, F., Kawaji, H., Carninci, P., Forrest, A., Hayashizaki, Y., Uhlén, M., Daub, C. O., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J., Arner, E., Arner, P., Babina, M., Baillie, K. & 244 others, Bajic, V., Baker, S., Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Davis, C., De Hoon, M., De Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I., Geijtenbeek, T. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Itoh, M., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kwashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulalovskiy, I., Kwon, A. T. J., Laros, J., Lassmann, T., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., Van De Wetering, M., Van Den Berg, L., Van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2015, In: Nucleic Acids Research. 43, p. 6787-6798

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    56 Citations (Scopus)
  • Gateways to the FANTOM5 promoter level mammalian expression atlas

    Lizio, M., Harshbarger, J., Shimoji, H., Severin, J., Kasukawa, T., Sahin, S., Abugessaisa, I., Fukuda, S., Hori, F., Ishikawa-Kato, S., Mungall, C. J., Arner, E., Baillie, J. K., Bertin, N., Bono, H., De Hoon, M., Diehl, A. D., Dimont, E., Freeman, T. C., Fujieda, K. & 249 others, Hide, W., Kaliyaperumal, R., Katayama, T., Lassmann, T., Meehan, T. F., Nishikata, K., Ono, H., Rehli, M., Sandelin, A., Schultes, E. A., T Hoen, P. A. C., Tatum, Z., Thompson, M., Toyoda, T., Wright, D. W., Daub, C. O., Itoh, M., Carninci, P., Hayashizaki, Y., Forrest, A., Kawaji, H., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J., Arner, P., Babina, M., Bajic, V., Baker, S., Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Blake, J. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Davis, C., De Lima Morais, D., Detmar, M., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Frith, M., Fujita, R., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I., Geijtenbeek, T. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Heutink, P., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Katayama, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J., Laros, J., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okzaki, Y., Orlando, V., Ovchinnokov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Sheng, G., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Taylor, M., Toyoda, H., Valen, E., Van De Wetering, M., Van Den Berg, L., Van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2015, In: Genome Biology. 16, p. 1-14

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    369 Citations (Scopus)
  • Hierarchical folding and reorganization of chromosomes are linked to transcriptional changes in cellular differentiation

    Fraser, J., Ferrai, C., Chiariello, A. M., Schueler, M., Rito, T., Laudanno, G., Barbieri, M., Moore, B. L., Kraemer, D. C. A., Aitken, S., Xie, S. Q., Morris, K. J., Itoh, M., Kawaji, H., Jaeger, I., Hayashizaki, Y., Carninci, P., Forrest, A., Alam, I., Albanese, D. & 256 others, Altschuler, G., Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J., Arner, E., Arner, P., Babina, M., Baillie, K., Bajic, V., Baker, S., Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Daub, C., Davis, C., De Hoon, M., De Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukudo, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I., Geijtenbeek, T. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J., Laros, J., Lassmann, T., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Mothashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Niskiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, M., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatasukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., Van De Wetering, M., Van Den Berg, L., Van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E., Zhang, P., Zhao, X., Zucchelli, S., Semple, C. A., Dostie, J., Pombo, A. & Nicodemi, M., 2015, In: Molecular Systems Biology. 11, p. 1-14

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    183 Citations (Scopus)
  • Redefining the transcriptional regulatory dynamics of classically and alternatively activated macrophages by deepCAGE transcriptomics

    Roy, S., Schmeier, S., Arner, E., Alam, T., Parihar, S. P., Ozturk, M., Tamgue, O., Kawaji, H., De Hoon, M. J. L., Itoh, M., Lassmann, T., Carninci, P., Hayashizaki, Y., Forrest, A., Bajic, V. B., Guler, R., Brombacher, F., Suzuki, H., Alam, I., Albanese, D. & 244 others, Altschuler, G., Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J., Arner, P., Babina, M., Baillie, K., Baker, S., Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Daub, C., Davis, C., De Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimon, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I., Geijtenbeek, T. B. H., Gibson, A., Gingeras, D., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, K., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J., Laros, J., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., Van De Wetering, M., Van Den Berg, L., Van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2015, In: Nucleic Acids Research. 43, p. 6969-6982

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    36 Citations (Scopus)
  • The constrained maximal expression level owing to haploidy shapes gene content on the mammalian X chromosome

    Hurst, L. D., Ghanbarian, A. T., Forrest, A., Kawaji, H., Rehli, M., Baillie, J. K., De Hoon, M. J. L., Haberle, V., Lassmann, T., Kulakovskiy, I. V., Lizio, M., Itoh, M., Andersson, R., Mungall, C. J., Meehan, T. F., Schmeier, S., Bertin, N., Jørgensen, M., Dimont, E., Arner, E. & 239 others, Schmidl, C., Schaefer, U., Medvedeva, Y. A., Plessy, C., Vitezic, M., Severin, J., Semple, C. A., Ishizu, Y., Young, R. S., Francescatto, M., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G. M., Arakawa, T., Archer, J. A. C., Arner, P., Babina, M., Baker, S., Balwierz, P. J., Beckhouse, A. G., Pradhan-Bhatt, S., Blake, J. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, A. M., Califano, A., Cannistraci, C. V., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H. C., Dalla, E., Davis, C. A., Detmar, M., Diehl, A. D., Dohi, T., Drabløs, F., Edge, A. S. B., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C., Faulkner, G. J., Favorov, A. V., Fisher, M. E., Frith, M. C., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I., Geijtenbeek, T. B., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T. J., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Hitchens, K. J., Ho Sui, S. J., Hofmann, O. M., Hoof, I., Hori, F., Huminiecki, L., Iida, K., Ikawa, T., Jankovic, B. R., Jia, H., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A. S., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawamoto, H., Kawamura, Y. I., Khachigian, L. M., Kitamura, T., Klinken, P., Knox, A. J., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kwon, A. T., Laros, J. F. J., Lee, W., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Mackay-Sim, A., Manabe, R., Mar, J. C., Marchand, B., Mathelier, A., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., De Lima Morais, D. A., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C. L., Murata, M., Nagao-Sato, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Van Nimwegen, E., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D. A., Pain, A., Passier, R., Patrikakis, M., Persson, H., Piazza, S., Prendergast, J. G. D., Rackham, O. J. L., Ramilowski, J. A., Rashid, M., Ravasi, T., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M. B., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schneider, C., Schultes, E. A., Schulze-Tanzil, G. G., Schwegmann, A., Sengstag, T., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shim, J. W., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R. K., T Hoen, P. A. C., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., Van De Wetering, M., Van Den Berg, L. M., Verardo, R., Vijayan, D., Vorontsov, I. E., Wasserman, W. W., Watanabe, S., Wells, C. A., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Zabierowski, S. E., Zhang, P. G., Zhao, X., Zucchelli, S., Summers, K. M., Suzuki, H., Daub, C. O., Kawai, J., Heutink, P., Hide, W., Freeman, T. C., Lenhard, B., Bajic, V. B., Taylor, M. S., Makeev, V. J., Sandelin, A., Hume, D. A., Carninci, P. & Hayashizaki, Y., 2015, In: PLoS Biology. 13, p. 1-48

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    15 Citations (Scopus)
  • The frequent evolutionary birth and death of functional promoters in mouse and human

    Young, R. S., Hayashizaki, Y., Andersson, R., Sandelin, A., Kawaji, H., Itoh, M., Lassmann, T., Carninci, P., Bickmore, W. A., Forrest, A., Taylor, M. S., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Arakawa, T., Archer, J., Arner, E., Arner, P., Babina, M., Baillie, K. & 242 others, Bajic, V., Baker, S., Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Daub, C., Davis, C., De Hoon, M., De Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I., Geijtenbeek, T. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J., Laros, J., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., Van De Wetering, M., Van Den Berg, L., Van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2015, In: Genome Research. 25, p. 1546-1557

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    27 Citations (Scopus)
  • The statistical geometry of transcriptome divergence in cell-type evolution and cancer

    Liang, C., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J., Arner, E., Arner, P., Babina, M., Baillie, K., Bajic, V., Baker, S., Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A., Blumenthal, A., Bodega, B. & 242 others, Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Carninci, P., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Daub, C., Davis, C., De Hoon, M., De Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Forrest, A., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I., Geijtenbeek, T. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Hayashizaki, Y., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Itoh, M., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawaji, H., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J., Laros, J., Lassmann, T., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., Van De Wetering, M., Van Den Berg, L., Van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorotzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E., Zhang, P., Zhao, X., Zucchelli, S. & Wagner, G. P., 2015, In: Nature Communications. 6, p. 1-6

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    27 Citations (Scopus)
  • Transcribed enhancers lead waves of coordinated transcription in transitioning mammalian cells

    Arner, E., Daub, C. O., Vitting-Seerup, K., Andersson, R., Lilje, B., Drabløs, F., Lennartsson, A., Rönnerblad, M., Hrydziuszko, O., Vitezic, M., Freeman, T. C., Alhendi, A. M. N., Arner, P., Axton, R., Baillie, J. K., Beckhouse, A., Bodega, B., Briggs, J., Brombacher, F., Davis, M. & 260 others, Detmar, M., Ehrlund, A., Endoh, M., Eslami, A., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Faulkner, G. J., Ferrai, C., Fisher, M. E., Forrester, L., Goldowitz, D., Guler, R., Ha, T., Hara, M., Herlyn, M., Ikawa, T., Kai, C., Kawamoto, H., Khachigian, L. M., Klinken, P., Kojima, S., Koseki, H., Klein, S., Mejhert, N., Miyaguchi, K., Mizuno, Y., Morimoto, M., Morris, K. J., Mummery, C., Nakachi, Y., Ogishima, S., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Passier, R., Patrikakis, M., Pombo, A., Qin, X-Y., Roy, S., Sato, H., Savvi, S., Saxena, A., Schwegmann, A., Sugiyama, D., Swoboda, R., Tanaka, H., Tomoiu, A., Winteringham, L., Wolvetang, E., Yanagi-Mizuochi, C., Yoneda, M., Zabierowski, S., Zhang, P., Abugessaisa, I., Bertin, N., Diehl, A. D., Fukuda, S., Furuno, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hori, F., Ishikawa-Kato, S., Ishizu, Y., Itoh, M., Kawashima, T., Kojima, M., Kondo, N., Lizio, M., Meehan, T. F., Mungall, C. J., Murata, M., Nishiyori-Sueki, H., Sahin, S., Nagao-Sato, S., Severin, J., De Hoon, M. J. L., Kawai, J., Kasukawa, T., Lassmann, T., Suzuki, H., Kawaji, H., Summers, K. M., Wells, C., Hume, D. A., Forrest, A., Sandelin, A., Carninci, P., Hayashizaki, Y., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Arakawa, T., Archer, J., Babina, M., Bajic, V., Baker, S., Balic, A., Balwierz, P., Blake, J. A., Bonetti, A., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Davis, C., De Lima Moarles, D., Dimont, E., Dohi, T., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Enomoto, H., Fang, H., Farach-Carson, M. C., Favorov, A., Francescatto, M., Frith, M., Fujita, R., Furlanello, C., Furusawa, J-I., Geijtenbeek, T. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Gough, J., Guhl, S., Gustincich, S., Haberle, V., Hamaguchi, M., Harbers, M., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Humaniecki, L., Ilda, K., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasinov, A., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawamura, Y., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Kitamura, T., Knox, A., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J., Laros, J., Lenhard, B., Li, K., Lipovich, L., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meynert, A., Morikawa, H., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Noma, S., Nozaki, T., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Pain, A., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Satoh, H., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A., Schulze-Tanzil, G., Semple, C., Sengstag, T., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, T., Suzuki, M., Suzuki, N., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., Van De Wetering, M., Van Den Berg, L., Van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wood, E. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2015, In: Science. 347, p. 1010-1014

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    324 Citations (Scopus)
  • Transcriptional dynamics reveal critical roles for non-coding RNAs in the immediate-early response

    Aitken, S., Magi, S., Alhendi, A. M. N., Itoh, M., Kawaji, H., Lassmann, T., Daub, C. O., Arner, E., Carninci, P., Forrest, A., Hayashizaki, Y., Khachigian, L. M., Okada-Hatakeyama, M., Semple, C. A., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J. & 242 others, Arner, P., Babina, M., Baillie, K., Bajic, V., Baker, S., Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Davis, C., De Hoon, M., De Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I., Geijtenbeek, T. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Kitamura, T., Klinken, P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J., Laros, J., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, M., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., Van De Wetering, M., Van Den Berg, L., Van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2015, In: PLoS Computational Biology. 11, p. 1-24

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    13 Citations (Scopus)
  • 2014

    An atlas of active enhancers across human cell types and tissues

    Andersson, R., Gebhard, C., Miguel-Escalada, I., Hoof, I., Bornholdt, J., Boyd, M., Chen, Y., Zhao, X., Schmidl, C., Suzuki, T., Ntini, E., Arner, E., Valen, E., Li, K., Schwarzfischer, L., Glatz, D., Raithel, J., Lilje, B., Rapin, N., Otzen Bagger, F. & 257 others, Jørgensen, M., Andersen, P. R., Bertin, N., Rackham, O., Burroughs, A. M., Baillie, J. K., Ishizu, Y., Shimizu, Y., Furuhata, E., Maeda, S., Negishi, Y., Mungall, C. J., Meehan, T. F., Lassmann, T., Itoh, M., Kawaji, H., Kondo, N., Kawai, J., Lennartsson, A., Daub, C. O., Heutink, P., Hume, D. A., Jensen, T. H., Suzuki, H., Hayashizaki, Y., Müller, F., Forrest, A., Carninci, P., Rehli, M., Sandelin, A., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Arakawa, T., Archer, J., Arner, P., Babina, M., Bajic, V., Baker, S., Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Blake, J. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Davis, C., De Hoon, M., De Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I., Geijtenbeek, T. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hori, F., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Jankovic, B., Jia, H., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J., Laros, J., Lenhard, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schneider, C., Schultes, E. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Senstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Van De Wetering, M., Van Den Berg, L., Van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E., Zhang, P. & Zucchelli, S., 2014, In: Nature. 507, p. 455-467

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    1341 Citations (Scopus)
  • A promoter-level mammalian expression atlas

    Forrest, A., Kawaji, H., Rehli, M., Baillie, J. K., De Hoon, M. J. L., Haberle, V., Lassmann, T., Kulakovskiy, I. V., Lizio, M., Itoh, M., Andersson, R., Mungall, C. J., Meehan, T. F., Schmeier, S., Bertin, N., Jørgensen, M. C., Dimont, E., Arner, E., Schmidl, C., Schaefer, U. & 241 others, Medvedeva, Y. A., Plessy, C., Vitezic, M., Severin, J. M., Semple, C. A. M., Ishizu, Y., Young, R. S., Francescatto, M., Altschuler, I. A., Albanese, D., Altschule, G. M., Arakawa, T., Archer, J., Arner, P., Babina, M., Rennie, S., Balwierz, P. J., Beckhouse, A. G., Pradhan-Bhatt, S., Blake, J. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J. A., Brombacher, F., Burroughs, A. M., Califano, A. C., Cannistraci, C. V., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H. C., Dalla, E., Davis, C. A., Detmar, M. J., Diehl, A. D., Dohi, T., Drabløs, F., Edge, A. S. B., Edinger, M. G., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L. R., Fang, H., Farach-Carson, M. C., Faulkner, G. J., Favorov, A. V., Fisher, M. E., Frith, M. C., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J., Geijtenbeek, T. B. H., Gibson, A. P., Gingeras, T. R., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T. J., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M. F., Hitchens, K. J., Sui, S. J. H., Hofmann, O. M., Hoof, I., Hori, F., Huminiecki, Ł. B., Iida, K., Ikawa, T., Jankovic, B. R., Jia, H., Joshi, A. M., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A. S., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawamoto, H., Kawamura, Y. I., Kawashima, T., Kempfle, J. S., Kenna, T. J., Kere, J., Khachigian, L. M., Kitamura, T., Klinken, P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kwon, A. T., Laros, J. F. J., Lee, W., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Mackay-Sim, A., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Mejhert, N., Meynert, A. M., Mizuno, Y., De Morais, D. A. L., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C. L., Murata, M., Nagao-Sato, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Van Nimwegen, E., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D. A., Pain, A., Passier, R. C. J. J., Patrikakis, M., Persson, H., Piazza, S., Prendergast, J. G. D., Rackham, O. J. L., Ramilowski, J. A., Rashid, M., Ravasi, T., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M. B., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schneider, C. H., Schultes, E. A., Schulze-Tanzil, G. G., Schwegmann, A., Sengstag, T., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J. W., Simon, C. M., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R. K., 't Hoen, P. A. C., Tagami, M., Tagami, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., Van De Wetering, M. L., Van Den Berg, L. M., Verardo, R., Vijayan, D., Vorontsov, I. E., Wasserman, W. W., Watanabe, S., Wells, C. A., Winteringham, L., Wolvetang, E. J., Wood, E. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Zabierowski, S. E., Zhang, P., Zhao, X., Zucchelli, S., Summers, K. M., Suzuki, H., Daub, C. O., Kawai, J., Heutink, P., Hide, W., Freeman, T. C., Lenhard, B., Bajic, L. V. B., Taylor, M. S., Makeev, V. J., Sandelin, A., Hume, D. A., Carninci, P. & Hayashizaki, Y. Y., 2014, In: Nature. 507, 7493, p. 462-470

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    1104 Citations (Scopus)
  • Ceruloplasmin Is a Novel Adipokine Which Is Overexpressed in Adipose Tissue of Obese Subjects and in Obesity-Associated Cancer Cells

    Arner, E., Forrest, A. R. R., Ehrlund, A., Mejhert, N., Itoh, M., Kawaji, H., Lassmann, T., Laurencikiene, J., Rydén, M., Arner, P., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J., Babina, M., Baillie, K., Bajic, V., Baker, S. & 241 others, Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Carninci, P., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Daub, C., Davis, C., de Hoon, M., de Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I. I., Geijtenbeek, T. B. H. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Hayashizaki, Y., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P. P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J. T. J., Laros, J., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F. F., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J. J., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Valen, E., Van De Wetering, M., Van Den Berg, L., Van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L. N., Wolvetang, E., Wood, E. J. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2014, In: PLoS One. 9, 3, 5 p., e80274.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    34 Citations (Scopus)
  • Chromatin states reveal functional associations for globally defined transcription start sites in four human cell lines

    Rye, M., Sandve, G. K. K., Daub, C. O. O., Kawaji, H., Carninci, P., Forrest, A. R. R., Drabløs, F., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J., Arner, E., Arner, P., Babina, M., Baillie, K., Bajic, V., Baker, S., Balic, A. & 239 others, Balwierz, P., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Davis, C., de Hoon, M., de Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I. I., Geijtenbeek, T. B. H. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Hayashizaki, Y., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Itoh, M., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P. P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J. T. J., Laros, J., Lassmann, T., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J. J., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okzaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, M., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., van de Wetering, M., van den Berg, L., van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2014, In: BMC Genomics. 15, 21 p., 120.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    13 Citations (Scopus)
  • Comparison of CAGE and RNA-seq transcriptome profiling using clonally amplified and single-molecule next generation sequencing

    Kawaji, H., Lizio, M., Itoh, M., Kanamori-Katayama, M., Kaiho, A., Nishiyori-Sueki, H., Shin, J. W. W., Kojima-Ishiyama, M., Kawano, M., Murata, M., Ninomiya-Fukuda, N., Ishikawa-Kato, S., Nagao-Sato, S., Noma, S., Hayashizaki, Y., Forrest, A. R. R., Carninci, P., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G. & 240 others, Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J., Arner, E., Arner, P., Babina, M., Baillie, K., Bajic, V., Baker, S., Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Daub, C., Davis, C., de Hoon, M., de Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I. I., Geijtenbeek, T. B. H. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kajiyama, K., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P. P., Knox, A., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J. T. J., Laros, J., Lassmann, T., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J. J., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaeffer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., van de Wetering, M., van den Berg, L., van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2014, In: Genome Research. 24, 4, p. 708-717 10 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    58 Citations (Scopus)
  • Deep transcriptome profiling of mammalian stem cells supports a regulatory role for retrotransposons in pluripotency maintenance

    Fort, A., Hashimoto, K., Yamada, D., Salimullah, M., Keya, C. A. A., Saxena, A., Bonetti, A., Voineagu, I., Bertin, N., Kratz, A., Noro, Y., Wong, C-H. H., de Hoon, M., Andersson, R., Sandelin, A., Suzuki, H., Wei, C-L. L., Koseki, H., Hasegawa, Y., Forrest, A. R. R. & 248 others, Carninci, P., Alam, I., Albanese, D., Alstschuler, G., Arakawa, T., Archer, J., Arner, E., Arner, P., Babina, M., Baillie, K., Bajic, V., Baker, S., Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Blake, J. A. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Daub, C., Davis, C., de lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I. I., Geijtenbeek, T. B. H. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hashimoto, T., Hayashizaki, Y., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Itoh, M., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawaji, H., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P. P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J. T. J., Laros, J., Lassmann, T., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J. J., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakzato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., van de Wetering, M., van den Berg, L., van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanbe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2014, In: Nature Genetics. 46, 6, p. 558-568 11 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    186 Citations (Scopus)
  • Differential roles of epigenetic changes and Foxp3 expression in regulatory T cell-specific transcriptional regulation

    Morikawa, H., Ohkura, N., Vandenbon, A., Itoh, M., Nagao-Sato, S., Kawaji, H., Lassmann, T., Carninci, P., Hayashizaki, Y., Forrest, A. R. R., Standley, D. M. M., Date, H., Sakaguchi, S., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J., Arner, E. & 242 others, Arner, P., Babina, M., Baillie, K., Bajic, V., Baker, S., Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierci, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Daub, C., Davis, C., de Hoon, M., de Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I. I., Geijtenbeek, T. B. H. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P. P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J. T. J., Laros, J., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J. J., Murata, M., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okzaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakai, M., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., van De Wetering, M., van Den Berg, L., van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2014, In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 14, p. 5289-5294 6 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    82 Citations (Scopus)
  • Effects of cytosine methylation on transcription factor binding sites

    Medvedeva, Y. A. A., Khamis, A. M. M., Kulakovskiy, I. V. V., Ba-Alawi, W., Bhuyan, M. D. S. I. D. S. I., Kawaji, H., Lassmann, T., Harbers, M., Forrest, A. R. R., Bajic, V. B. B., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J., Arner, E., Arner, P., Babina, M., Baillie, K. & 241 others, Baker, S., Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Carninci, P., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Daub, C., Davis, C., de Hoon, M., de Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I. I., Geijtenbeek, T. B. H. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Hayashizaki, Y., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Itoh, M., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P. P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kwon, A. T. J. T. J., Laros, J., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Meehan, T. F. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J. J., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okzaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., van De Wetering, M., van Den Berg, L., van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2014, In: BMC Genomics. 15, 12 p., 119.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    143 Citations (Scopus)
  • High-throughput transcription profiling identifies putative epigenetic regulators of hematopoiesis

    Prasad, P., Rönnerblad, M., Arner, E., Itoh, M., Kawaji, H., Lassmann, T., Daub, C. O. O., Forrest, A. R. R., Lennartsson, A., Ekwall, K., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Arakawa, T., Archer, J., Arner, P., Babina, P., Baillie, K., Bajic, V., Baker, S. & 240 others, Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Carninci, P., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Davis, C., de Hoon, M., de Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I. I., Geijtenbeek, T. B. H. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Hayashizaki, Y., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P. P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J. T. J., Laros, J., Lenhard, B., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J. J., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okzaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaeffer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., van De Wetering, M., van Den Berg, L., van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2014, In: Blood. p. e1-e12 12 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    17 Citations (Scopus)
  • Lyn kinase plays important roles in erythroid expansion, maturation and erythropoietin receptor signalling by regulating inhibitory signalling pathways that control survival

    Slavova-Azmanova, N., Kucera, N., Louw, A., Satiaputra, J., Handoko, A., Singer, P., Stone, L., McCarthy, D., Klinken, P., Hibbs, M. L. & Ingley, E., May 2014, In: Biochemical Journal. 459, 3, p. 455-466

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    12 Citations (Scopus)
  • Mesencephalic dopaminergic neurons express a repertoire of olfactory receptors and respond to odorant-like molecules

    Grison, A., Zucchelli, S., Urzi, A., Zamparo, I., Lazarevic, D., Pascarella, G., Roncaglia, P., Giorgetti, A., Garcia-Esparcia, P., Vlachouli, C., Simone, R., Persichetti, F., Forrest, A. R. R., Hayashizaki, Y., Carloni, P., Ferrer, I., Lodovichi, C., Plessy, C., Carninci, P., Gustincich, S. & 253 others, Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J., Arner, E., Arner, P., Babina, M., Baillie, K., Bajic, V., Baker, A., Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Daub, C., Davis, C., de Hoon, M., de Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I. I., Geijtenbeek, T. B. H. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Itoh, M., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawaji, H., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P. P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J. T. J., Laros, J., Lassmann, T., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J. J., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okzaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Senstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, M., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., van De Wetering, M., van Den Berg, L., van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E. E., Zhang, P. & Zhao, X., 2014, In: BMC Genomics. 15, 16 p., 729.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    32 Citations (Scopus)
  • RECLU: A pipeline to discover reproducible transcriptional start sites and their alternative regulation using capped analysis of gene expression (CAGE)

    Ohmiya, H., Vitezic, M., Frith, M. C. C., Itoh, M., Carninci, P., Forrest, A. R. R., Hayashizaki, Y., Lassmann, T., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J., Arner, E., Arner, P., Babina, M., Baillie, K., Bajic, V., Baker, S. & 240 others, Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Daub, C., Davis, C., de Hoon, M., de Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I. I., Geijtenbeek, T. B. H. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawaji, H., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P. P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J. T. J., Laros, J., Lenhard, T., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F. F., Mejhert, A., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J. J., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okzaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., van De Wetering, M., van Den Berg, L., van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2014, In: BMC Genomics. 15, 15 p., 269.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    34 Citations (Scopus)
  • Redefinition of the human mast cell transcriptome by deep-CAGE sequencing

    The FANTOM Consortium, 2014, In: Blood. 123, 17, p. e58-e67 10 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    111 Citations (Scopus)
  • Specific Mesothelial Signature Marks the Heterogeneity of Mesenchymal Stem Cells from High-Grade Serous Ovarian Cancer

    Verardo, R., Piazza, S., Klaric, E., Ciarni, Y., Bussadori, G., Marzinotto, S., Mariuzzi, L., Cesselli, D., Beltrami, A. P. P., Mano, M., Itoh, M., Kawaji, H., Lassmann, T., Carninci, P., Hayashizaki, Y., Forrest, A. R. R., Beltrami, C. A. A., Schneider, C., Alam, I., Albanese, D. & 247 others, Altschuler, G., Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J., Arner, E., Arner, P., Babina, M., Baillie, K., Bajic, V., Baker, S., Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Clevers, H., Dalla, E., Daub, C., Davis, C., de Hoon, M., de Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I. I., Geijtenbeek, T. B. H. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P. P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J. T. J., Laros, J., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J. J., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okzaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaeffer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schultes, E. A. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., van De Wetering, M., van Den Berg, L., van Nimwegen, E., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2014, In: Stem Cells. 32, 11, p. 2998-3011 14 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    16 Citations (Scopus)
  • The enhancer and promoter landscape of human regulatory and conventional T-cell subpopulations

    Schmidl, C., Hansmann, L., Lassmann, T., Balwierz, P. J. J., Kawaji, H., Itoh, M., Kawai, J., Nagao-Sato, S., Suzuki, H., Andreesen, R., Hayashizaki, Y., Forrest, A. R. R., Carninci, P., Hoffmann, P., Edinger, M., Rehli, M., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Andersson, R. & 241 others, Arakawa, T., Archer, J., Arner, E., Arner, P., Babina, M., Baillie, K., Bajic, V., Baker, S., Balic, A., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Daub, C., Davis, C., de Hoon, M., de Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I. I., Geijtenbeek, T. B. H. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P. P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J. T. J., Laros, J., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J. J., Murata, M., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okzaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhat, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaeffer, U., Schmeier, S., Schneider, C., Schultes, E. A. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., van De Wetering, M., van Den Berg, L., van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2014, In: Blood. 123, p. e68-e78 11 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    48 Citations (Scopus)
  • Transcriptional profiling of the human fibrillin/LTBP gene family, key regulators of mesenchymal cell functions

    Davis, M. R. R., Andersson, R., Severin, J., de Hoon, M., Bertin, N., Baillie, J. K. K., Kawaji, H., Sandelin, A., Forrest, A. R. R., Summers, K. M. M., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Arakawa, T., Archer, J., Erner, E., Arner, P., Bajic, V., Baker, S., Balic, A. & 240 others, Balwierz, P., Beckhouse, A., Blake, J. A. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Carninci, P., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Daub, C., Davis, C., de Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I. I., Geijtenbeek, T. B. H. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Hayashizaki, Y., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Itoh, M., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P. P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J. T. J., Laros, J., Lassmann, T., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J. J., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okzaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Suzuki, H., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., van De Wetering, M., van Den Berg, L., van Nimwegen, E., Verado, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2014, In: Molecular Genetics and Metabolism. 112, 1, p. 73-83 11 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    22 Citations (Scopus)
  • Transcription and enhancer profiling in human monocytes subsets

    Schmidl, C., Renner, K., Peter, K., Eder, R., Lassmann, T., Balwierz, P. J. J., Itoh, M., Nagao-Sato, S., Kawaji, H., Carninci, P., Suzuki, H., Hayashizaki, Y., Andreesen, R., Hume, D. A. A., Hoffmann, P., Forrest, A. R. R., Kreutz, M. P. P., Edinger, M., Rehli, M., Alam, I. & 245 others, Albanese, D., Altschuler, G., Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J., Arner, E., Arner, P., Babina, M., Baillie, K., Bajic, V., Baker, S., Balic, A., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Daub, C., Davis, C., de Hoon, M., de Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I. I., Geijtenbeek, T. B. H. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P. P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J. T. J., Laros, J., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J. J., Murata, M., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okzaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schneider, C., Schultes, E. A. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., van De Wetering, M., van Den Berg, L., van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J. J., Yamaguchi, Y., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2014, In: Blood. 123, p. e90-e99 11 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    95 Citations (Scopus)
  • 2013

    Gain-of-function Lyn induces anemia: appropriate Lyn activity is essential for normal erythropoiesis and Epo receptor signaling

    Slavova-Azmanova, N., Kucera, N., Satiaputra, J., Stone, L., Magno, A., Maxwell, M. J., Quilici, C., Erber, W., Klinken, P., Hibbs, M. L. & Ingley, E., 2013, In: Blood. 122, 2, p. 262-271

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    17 Citations (Scopus)
  • 2009

    Crystal structures of the Lyn Protein Tyrosine Kinase Domain in Its Apo- and Inhibitor-bound state

    Williams, N. K., Lucet, I. S., Klinken, P., Ingley, E. & Rossjohn, J., 2009, In: Journal of Biological Chemistry. 284, 1, p. 284-291

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    46 Citations (Scopus)
  • Liar, a novel Lyn-binding nuclear/cytoplasmic shuttling protein that influences erythropoietin-induced differentiation

    Samuels, A., Klinken, P. & Ingley, E., 2009, In: Blood. 113, 16, p. 3845-3857

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    16 Citations (Scopus)
  • 2008

    Erythroid defects in TRa -/- mice

    Kendrick, T. S., Payne, C. J., Epis, M. R., Schneider, J. R., Leedman, P., Klinken, P. & Ingley, E., 2008, In: Blood. 111, 6, p. 3245-48

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    43 Citations (Scopus)
  • Hls5 regulated erythroid differentiation by modulating GATA-1 activity

    Endersby, R., Majewski, I. J., Winteringham, L., Beaumont, J., Samuels, A., Scaife, R., Lim, E., Crossley, M., Klinken, P. & Lalonde, J. P., 2008, In: Blood. 111, 4, p. 1946-1950

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    4 Citations (Scopus)
  • Hls5 regulates erythroid differentiation by modulating Gata-1 activity

    Endersby, R., Beaumont, J., Majewski, IJ., Samuels, A., Scaife, R., Winteringham, L., Lim, E., Crossley, M., Klinken, P. & Lalonde, JP., 2008, In: Blood. III, 4, p. 1946-1950

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  • 2006

    Cross-regulation of JAK and Src kinases

    Ingley, E. & Klinken, P., 2006, In: Growth Factors. 24, 1, p. 89-95

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    39 Citations (Scopus)
  • Csk-binding Protein Mediates Sequential Enzymatic Down-regulation and Degradation of Lyn in Erythropoietin-stimulated Cells

    Ingley, E., Schneider, J. R., Payne, C. J., Mccarthy, D. J., Harder, K. W., Hibbs, M. L. & Klinken, P., 2006, In: Journal of Biological Chemistry. 281, 42, p. 31920-31929

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    37 Citations (Scopus)
  • Erythrocytes

    Ingley, E. & Klinken, P., 2006, Encyclopedia of Respiratory Medicine. Laurent, G. & Shapiro, S. (eds.). London: Academic Press, Vol. X. p. XXXX

    Research output: Chapter in Book/Conference paperEntry for encyclopedia/dictionary

  • Myeloid Leukemia Factor 1 Associates with a Novel Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein U-like Molecule

    Winteringham, L., Endersby, R., Kobelke, S., Mcculloch, R. K., Williams, J. H., Stillitano, J., Cornwall, S. M., Ingley, E. & Klinken, P., 2006, In: Journal of Biological Chemistry. 281, 50, p. 38791-3800

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    21 Citations (Scopus)
  • 2005

    Lyn deficiency reduces GATA-1, EKLF and STAT5, and induces extramedullary stress erythropoiesis

    Ingley, E., Mccarthy, D. J., Pore, J. R., Sarna, M. K., Adenan, A. S., Wright, J., Tilbrook, P. & Klinken, P., 2005, In: Oncogene. 24, 3, p. 336-343

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    34 Citations (Scopus)
  • Outer membrane protein 25-a mitochondrial anchor and inhibitor of stress-activated protein kinase-3

    Court, N. W., Ingley, E., Klinken, P. & Bogoyevitch, M. A., 2005, In: BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-MOLECULAR CELL RESEARCH. 1744, 1, p. 68-75

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    5 Citations (Scopus)
  • 2004

    HLS5, a Novel RBCC (Ring Finger, B Box, Coiled-coil) Family Member Isolated from a Hemopoietic Lineage Switch, Is a Candidate Tumor Suppressor

    Lalonde, J. P., Lim, R., Ingley, E., Tilbrook, P., Thompson, M. J., Mcculloch, R., Beaumont, J., Wicking, C., Eyre, H. J., Sutherland, G. R., Howe, K., Solomon, E., Williams, C. & Klinken, P., 2004, In: The Journal of Biological Chemistry. 279, p. 8181-8189

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    23 Citations (Scopus)
  • Myeloid Leukemia Factor 1 inhibits erythropoietin-induced differentiation, cell cycle exit and p27Kip1 accumulation

    Winteringham, L., Kobelke, S., Williams, C., Ingley, E. & Klinken, P., 2004, In: Oncogene. 23, 29, p. 5105-5109

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    41 Citations (Scopus)
  • New insights into the regulation of erythroid cells

    Ingley, E., Tilbrook, P. A. & Klinken, S. P., 2004, In: IUBMB Life. 56, 4, p. 177-184

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    40 Citations (Scopus)
  • 2003

    Differential regulation of SOCS genes in normal and transformed erythroid cells

    Sarna, M. K., Ingley, E., Busfield, S. J., Cull, V. S., Lepere, W., Mccarthy, D. J., Wright, M. J., Palmer, G. A., Chappell, D., Sayer, M. S., Alexander, W. S., Hilton, D. J., Starr, R., Watowich, S. S., Bittorf, T., Klinken, P. & Tilbrook, P., 2003, In: Oncogene. 22, 21, p. 3221-3230

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    27 Citations (Scopus)
  • 2002

    Elucidating signalling pathways in erythropoiesis and lineage switching

    Ingley, E., Tilbrook, P. & Klinken, P., 2002, In: Research Advances in Cancer. 2, p. 327-337

    Research output: Contribution to journalArticle

  • Enforced expression of HOX11 is associated with an immature phenotype in J2E erythroid cells

    Greene, W. K., Ford, J., Dixon, D., Tilbrook, P., Watt, P., Klinken, P. & Kees, U. R., 2002, In: British Journal of Haematology. 118, p. 909-917

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    12 Citations (Scopus)
  • MADM, a Novel Adaptor Protein That Mediates a Phosphorylation of the 14-3-3 Binding Site of Myeloid Leukemia Factor 1

    Lim, R., Winteringham, L., Williams, J. H., Mcculloch, R. K., Ingley, E., Tiao, JY-H., Lalonde, J-P., Tsai, S., Tilbrook, P., Sun, Y., Wu, X., Morris, S. W. & Klinken, P., 2002, In: Journal of Biological Chemistry. 277, 3, p. 40997-41008

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    42 Citations (Scopus)
  • Red blood cells

    Klinken, P., 2002, In: International Journal of Biochemistry and Cell Biology. 34, p. 1513-1518

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    31 Citations (Scopus)
  • 2001

    Erythropoietin-Stimulated Raf-1 Tyrosine Phosphorylation is Associated with the Tyrosine Kinase Lyn in J2E Erythroleukemic Cells

    Tilbrook, P., Colley, S. M., Mccarthy, D. J., Marais, R. & Klinken, P., 2001, In: Archives of Biochemistry and Biophysics. 396, 1, p. 128-132

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    23 Citations (Scopus)