Peter Klinken

Professor

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Personal profile

Research expertise keywords

  • Cancer—leukaemia
  • Erythropoietin
  • Red blood cells

Fingerprint

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  • Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network

    FANTOM Consortium, Dec 2021, In: Nature Communications. 12, 1, 3297.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    2 Citations (Scopus)
  • An integrated expression atlas of miRNAs and their promoters in human and mouse

    de Rie, D., Abugessaisa, I., Alam, T., Arner, E., Arner, P., Ashoor, H., Astrom, G., Babina, M., Bertin, N., Burroughs, A. M., Carlisle, A. J., Daub, C. O., Detmar, M., Deviatiiarov, R., Fort, A., Gebhard, C., Goldowitz, D., Guhl, S., Ha, T. J., Harshbarger, J. & 50 others, Hasegawa, A., Hashimoto, K., Herlyn, M., Heutink, P., Hitchens, K. J., Hon, C. C., Huang, E., Ishizu, Y., Kai, C., Kasukawa, T., Klinken, P., Lassmann, T., Lecellier, C-H., Lee, W., Lizio, M., Makeev, V., Mathelier, A., Medvedeva, Y. A., Mejhert, N., Mungall, C. J., Noma, S., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Persson, H., Rizzu, P., Roudnicky, F., Saetrom, P., Sato, H., Severin, J., Shin, J. W., Swoboda, R. K., Tarui, H., Toyoda, H., Vitting-Seerup, K., Winteringham, L., Yamaguchi, Y., Yasuzawa, K., Yoneda, M., Yumoto, N., Zabierowski, S., Zhang, P. G., Wells, C. A., Summers, K. M., Kawaji, H., Sandelin, A., Rehli, M., Hayashizaki, Y., Carninci, P., Forrest, A. R. R. & de Hoon, M. J. L., Sep 2017, In: Nature Biotechnology. 35, 9, p. 872–878

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    213 Citations (Scopus)
  • FANTOM5 CAGE profiles of human and mouse samples

    Noguchi, S., Arakawa, T., Fukuda, S., Furuno, M., Hasegawa, A., Hori, F., Ishikawa-Kato, S., Kaida, K., Kaiho, A., Kanamori-Katayama, M., Kawashima, T., Kojima, M., Kubosaki, A., Manabe, R. I., Murata, M., Nagao-Sato, S., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori-Sueki, H., Noma, S. & 158 others, Saijyo, E., Saka, A., Sakai, M., Simon, C., Suzuki, N., Tagami, M., Watanabe, S., Yoshida, S., Arner, P., Axton, R. A., Babina, M., Kenneth Baillie, J., Barnett, T. C., Beckhouse, A. G., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Carlisle, A. J., Clevers, H. C., Davis, C. A., Detmar, M., Dohi, T., Edge, B. A. S., Edinger, M., Ehrlund, A., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Eslami, A., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Farach-Carson, M. C., Faulkner, G. J., Ferrai, C., Fisher, M. E., Forrester, L. M., Fujita, R., Furusawa, J. I., Geijtenbeek, T. B., Gingeras, T., Goldowitz, D., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T. J., Hamaguchi, M., Hara, M., Hasegawa, Y., Herlyn, M., Heutink, P., Hitchens, K. J., Hume, D. A., Ikawa, T., Ishizu, Y., Kai, C., Kawamoto, H., Kawamura, Y. I., Kempfle, J. S., Kenna, T. J., Kere, J., Khachigian, L. M., Kitamura, T., Klein, S., Peter Klinken, S., Knox, A. J., Kojima, S., Koseki, H., Koyasu, S., Lee, W., Lennartsson, A., MacKay-Sim, A., Mejhert, N., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Morris, K. J., Motohashi, H., Mummery, C. L., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D. A., Passier, R., Patrikakis, M., Pombo, A., Pradhan-Bhatt, S., Qin, X. Y., Rehli, M., Rizzu, P., Roy, S., Sajantila, A., Sakaguchi, S., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schmidl, C., Schneider, C., Schulze-Tanzil, G. G., Schwegmann, A., Sheng, G., Shin, J. W., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K. M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tomoiu, A., Toyoda, H., Wetering, M., Berg, L. M. V. D., Verardo, R., Vijayan, DI., Wells, C. A., Winteringham, L. N., Wolvetang, E., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yanagi-Mizuochi, C., Yoneda, M., Yonekura, Y., Zhang, P. G., Zucchelli, S., Abugessaisa, I., Arner, E., Harshbarger, J., Kondo, A., Lassmann, T., Lizio, M., Sahin, S., Sengstag, T., Severin, J., Shimoji, H., Suzuki, M., Suzuki, H., Kawai, J., Kondo, N., Itoh, M., Daub, C. O., Kasukawa, T., Kawaji, H., Carninci, P., Forrest, A. R. R. & Hayashizaki, Y., 29 Aug 2017, In: Scientific Data. 4, 170112.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    77 Citations (Scopus)
  • Complementing tissue characterization by integrating transcriptome profiling from the Human Protein Atlas and from the FANTOM5 consortium

    Yu, N. Y-L., Hallström, B. M., Fagerberg, L., Ponten, F., Kawaji, H., Carninci, P., Forrest, A., Hayashizaki, Y., Uhlén, M., Daub, C. O., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J., Arner, E., Arner, P., Babina, M., Baillie, K. & 244 others, Bajic, V., Baker, S., Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Bertin, N., Blake, J. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Davis, C., De Hoon, M., De Lima Morais, D., Detmar, M., Diehl, A., Dimont, E., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Freeman, T., Frith, M., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I., Geijtenbeek, T. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Heutink, P., Hide, W., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hori, F., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Itoh, M., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kwashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulalovskiy, I., Kwon, A. T. J., Laros, J., Lassmann, T., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Lizio, M., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Meehan, T. F., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Mungall, C. J., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rehli, M., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sandelin, A., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schultes, E. A., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Severin, J., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., T Hoen, P., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Taylor, M., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., Van De Wetering, M., Van Den Berg, L., Van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2015, In: Nucleic Acids Research. 43, p. 6787-6798

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    55 Citations (Scopus)
  • Gateways to the FANTOM5 promoter level mammalian expression atlas

    Lizio, M., Harshbarger, J., Shimoji, H., Severin, J., Kasukawa, T., Sahin, S., Abugessaisa, I., Fukuda, S., Hori, F., Ishikawa-Kato, S., Mungall, C. J., Arner, E., Baillie, J. K., Bertin, N., Bono, H., De Hoon, M., Diehl, A. D., Dimont, E., Freeman, T. C., Fujieda, K. & 249 others, Hide, W., Kaliyaperumal, R., Katayama, T., Lassmann, T., Meehan, T. F., Nishikata, K., Ono, H., Rehli, M., Sandelin, A., Schultes, E. A., T Hoen, P. A. C., Tatum, Z., Thompson, M., Toyoda, T., Wright, D. W., Daub, C. O., Itoh, M., Carninci, P., Hayashizaki, Y., Forrest, A., Kawaji, H., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G., Andersson, R., Arakawa, T., Archer, J., Arner, P., Babina, M., Bajic, V., Baker, S., Balic, A., Balwierz, P., Beckhouse, A., Blake, J. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, M., Califano, A., Cannistraci, C., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H., Dalla, E., Davis, C., De Lima Morais, D., Detmar, M., Dohi, T., Drabros, F., Edge, A., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C., Faulkner, G., Favorov, A., Fisher, M., Francescatto, M., Frith, M., Fujita, R., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J-I., Geijtenbeek, T. B. H., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T., Haberle, V., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Heutink, P., Hitchens, K., Ho Sui, S., Hofmann, O., Hoof, I., Hume, D., Huminiecki, L., Ilda, K., Ikawa, T., Ishizu, Y., Jankovic, B., Jia, H., Jorgensen, M., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A., Katayama, S., Kawaguchi, S., Kawai, J., Kawamoto, H., Kawamura, Y., Kawashima, T., Kempfle, J., Kenna, T., Kere, J., Khachigian, L., Kitamura, T., Klinken, P., Knox, A., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kulakovskiy, I., Kwon, A. T. J., Laros, J., Lenhard, B., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Mackay-Sim, A., Makeev, V., Manabe, R., Mar, J., Marchand, B., Mathelier, A., Medvedeva, Y., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C., Murata, M., Nagao, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okzaki, Y., Orlando, V., Ovchinnokov, D., Pain, A., Passier, R., Persson, H., Piazza, S., Plessy, C., Pradhan-Bhatt, S., Prendergast, J., Rackham, O., Ramilowski, J., Rashid, M., Ravasi, T., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schaefer, U., Schmeier, S., Schmidl, C., Schneider, C., Schulze-Tanzil, G., Schwegmann, A., Semple, C., Sengstag, T., Sheng, G., Shimoni, Y., Shin, J., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Summers, K., Suzuki, H., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Taylor, M., Toyoda, H., Valen, E., Van De Wetering, M., Van Den Berg, L., Van Nimwegen, E., Verardo, R., Vijayan, D., Vitezic, M., Vorontzov, I., Wasserman, W., Watanabe, S., Wells, C., Winteringham, L., Wolvetang, E., Wood, E. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Young, R., Zabierowski, S. E., Zhang, P., Zhao, X. & Zucchelli, S., 2015, In: Genome Biology. 16, p. 1-14

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    357 Citations (Scopus)